Согласно историческому источнику начала восьмого столетия «Иёнокуни Фудоки», «мукаси мукаси ару токоро ни … посетили два бога Иёнокуни (древняя страна). Один бог сильно заболел. Второму стало очень грустно и чтобы как-то помочь другу, он протянул со дна морского трубу, чтобы вода поступила в ванну, которую он сделал для заболевшего друга. После того, как бог принял ванну с целительной водой, он сразу выздоровел.
Отомо Ёриясу, самурай, чье имя осталось в истории, прежде всего благодаря его заботе о простых солдатах. Он построил санатории в Бэппу, Канннава, Хамава для раненых солдат, которые сражались с монгольскими захватчиками в эпоху Камакура (1192-1333). В годы периода Эдо был повсеместно известен Хамаваки Онсэн, и доктора прописывали лечение в горячих источниках.
Бэппу Онсэн тоже достаточно быстро развивался. В эпоху Мэйдзи была задействована технология «кадзусабори» и было вырыто более 1 000 отверстий для ванн. Популярности способствовало и открытие железной дороги. В годы эры Сёва, деревня Бэппу поглотила деревни Хамаваки, Итигаки, Камэгава и таким образом сформировался город Бэппу. Во время восстановления экономики, онсэны стали принимать те формы, которые можно увидеть сегодня и Бэппу стал представлять главную область курортов с горячими источниками.
Официальным годом основания считается 1924, 1 апреля.
Город Бэппу посещали Чарли Чаплин, французский поэт Поль Клодель и восторженно отзывались об онсэнах Бэппу и очень гостеприимных жителях.
Наверное, больше всего повезло местным жителям, которые используют воду, вытекающую из земли, для всех возможных нужд.