Рассказы об основании храма Хорю можно прочитать в исторических письмах, которые выгравированы с обратной стороны ореола статуи Якуси Нёрай, расположенной в Главном Зале храма и в официальном инвентаре собственности Хорюдзи, зарегистрированном в 747 году.
Согласно отчетам император Ёмэй поклялся построить храм и создать изображение Будды для того, чтобы поклонятся Будде Медицины и Исцеления после выздоровления, но задуманному не суждено было исполниться, поскольку император вскоре умер.
В тех же самых письмах говорится, что императрица Суйко и принц Сётоку исполнили желание покойного императора и основали храм в 607 году, посвятив его статуе Якуси Нёрай. Храм тогда назывался Икаруга-дэра, название, которое можно услышать и в наши дни.
Роковой ночью 30 апреля 670 года, как свидетельствуют Нихон Сёки, большое пламя пронеслось над храмом, не оставив ни одного здания. Храм восстанавливали постепенно до начала восьмого столетия. Повторно его реконструировали в начале двенадцатого века, затем в 1374 году и в 1603 году.
На данный момент Хорюдзи – главный религиозный центр Хоссо-сю, так же как и другой храм Нара Якусидзи.
Однако историки последней четверти 19 столетия стали подвергать сомнению точность счета построек (и в первую очередь историк – археолог Сэкино в 1905 году), разрушенных огнем, и даже приходили к мысли, а был ли вообще пожар.
Археологические изыскания, проведенные в 1939 году, подтвердили, что дворец принца Сётоку, Икаруга-но-мия, занимал восточную часть настоящего комплекса храма, который в те времена находился к юго-западу от дворца принца и не полностью в пределах существующего комплекса. Оригинальный храм, названный историками и археологами Вакакуса-Гаран, строительство которого было закончено в 711 году, прежде чем императорский двор переехал в новую столицу, был все же утерян, и реконструкция переориентировалась на северо-запад.
По сей день, многие вопросы остаются без ответа, но бесспорным является тот факт, что Хорюдзи, прославляемый в течение 14 столетий, непрерывно соблюдает традиции, установленные Великим Реформатором, отцом японского Буддизма – принцем Сётоку.